对于《南京》这部纪录片，日本媒体也有报道。产经新闻在6月21日报道了《南京》在美国公映的消息，文中认为这部纪录片是站在对日批判的视角，标题引用了制作人美国在线公司副总裁特德·莱昂西斯在首映式上说的话：“日本在降低自己的责任”。

      作为明显右倾化的媒体，产经新闻的这篇报道也在处处争辩。先是把南京大屠杀说成“南京事件”，又把当时的杀人竞赛说成“莫须有”。针对纪录片中有镜头重合了当时占领南京的日本兵形象和当下仍然有穿旧军服参拜靖国神社的日本人形象，文章认为《南京》既是在批评过去的日本，又描写了“不反省的日本”。

　　文章最后采访了三个观众，一个是中国女留学生说“非常感谢有这样一部作品”。一位35岁的美国联邦政府职员说“影片中各种残暴行为给我留下了非常不好的印象，但这个印象不仅仅是针对日本的，也是针对这场战争的”。另一位37岁的美国青少年福利专家则表示，在这个事件里，中国人是屠杀的受害者，但为什么中国对当下苏丹达尔富尔的大屠杀还施以援手呢？选择这样的采访者，并刊登这样的采访内容，也显示了产经新闻的态度。

　　日本的共同通信社和时事通信社等新闻机构也对《南京》在中国上映做了简单报道，并介绍因为今年是卢沟桥事变和南京大屠杀70周年，中国国内还将继续上映相关题材的电影。